目前，微生物肥料包括微生物接種劑（微生物菌劑）、復合微生物肥料（菌肥）、生物有機肥（菌肥）三類。
在使用過程中，微生物肥料在提高土壤肥力、防控病害、提高品質作用顯著，但也有朋友們反映效果不穩定，同一批次的品種在不同作物、不同時期、不同用量的情況下效果差異很大。經調查發現，大家使用這類肥料中存在諸多誤區，主要體現在觀念和使用方法上，今天就從大家對菌肥觀念上的誤區一一糾正。
誤區1：靠見效速度評價產品好壞，認為見效快的就是好菌劑或菌肥
肥料效果的發揮與微生物菌群繁殖速度、菌群數量關系緊密，菌群生長存在周期，這是與化學肥料和植物調節劑的最大區別，也就出現了微生物肥料速效性不如后兩者的現象。
見效慢并不意味著品種是無效果的，能在較短時間內看到作物長勢明顯改善的品種未必是好品種，其中也不乏一些添加了植物調節劑的品種。
誤區2：種類混亂，分不清使用的是菌劑還是菌肥
農用微生物菌劑是指目標微生物（有益菌）經過工業化生產擴繁后制成的活菌制劑；微生物菌肥包含復合微生物肥料和生物有機肥，分別指目的微生物經工業化生產增殖后與營養物質和主要動植物殘體（如畜禽糞便、農作物秸稈等）為來源并經無害化處理的有機物料復合而成的活菌制品。
菌劑、菌肥最大的區別在于產品中營養物質及有機物料的含量，使用中需結合實際需求選擇對路產品。
誤區3：認為一種產品中菌的種類越多、菌種數量越大越好
復合菌劑的使用效果會受到不同菌種生長習性的影響，盲目的復合，極易造成菌種間的拮抗，影響效果發揮。產品使用后起作用的只有活菌，因此菌衡量的標準為“有效活菌數（CFU）”，有效活菌數量越大效果越好。
此外，菌的純度也至關重要，當產品中霉菌雜菌數及雜菌率超標時也會影響應用。市場上少數不合格產品中含有致病菌，不僅修復不了土壤，還會導致病害發生。
誤區4：一個季節使用一次就可以，一次使用作用可持續多年
部分微生物菌種施入土壤后會大量繁殖，當數量達到一定程度后成為優勢菌群，但外部環境的改變會導致有益菌死亡，從而影響有益菌群在土壤微生物系統中的地位，要繼續保持其地位，就需要在作物的生長期多次使用微生物肥料來補充有益菌。
誤區5：不注重菌的種類，認為一種菌可以解決多種問題
少數用戶缺乏對癥用菌的意識，選購產品時只注重是否含菌，而不關注菌的種類，使用不對癥的菌品種后，達不到所需目的。
對于現階段在農業部獲得登記的微生物品種，它們具有不同的功能，要結合需求、菌種特點、菌種功能選用對癥的產品。
誤區6：超過保質期使用就沒有效果
國家標準規定，“農用微生物菌劑產品”及“有機物料腐熟劑產品”液體制品保質期為3個月，粉劑及顆粒制品為6個月。超過保質期并不意味著產品沒有效果，要區別對待。